El objetivo principal de la Escuela Internacional de Doctorado en Estudios del Mar, EIDEMAR, es promover y dinamizar los estudios doctorales asociados a CEIMAR y ofertar actividades que complementen la formación de los futuros doctores interesados en la especialización en temáticas marinas.
La Escuela EIDEMAR nació en 2013 con cuatro programas de doctorado de especialización en el medio marino: Ciencia y Tecnología Marinas; Recursos Marinos; Gestión y Conservación del Mar; Historia y Arqueología Marítimas. Con posterioridad en el curso 2015/10 se incorporó el Máster en Arqueología Náutica y Subacuatica. Programa de Doctorado Erasmus Mundus en Gestión Marina y Costera (MACOMA, Marine & Coastal Management), con la participación de cinco Universidades de Portugal, Italia, Rusia y España.
Actualmente están en vías de integración a la Escuela otros Programas de Doctorado y Máster ya existentes, al tiempo que se están diseñando otros títulos especializados, para fortalecer la vocación internacional e interuniversitaria de EIDEMAR.
Los programas de doctorado desarrollan un amplio conjunto de actividades formativas entre las que destacan cursos de especialización, conferencias de excelencia, programas de movilidad de estudiantes, jornadas de investigación, congresos de jóvenes investigadores, etc.
Los programas han sido apoyados curricularmente por más de doscientos investigadores que desarrollan su actividad en una veintena de instituciones de más de diez países, participando en casi un centenar de proyectos de investigación competitivos, y disponiendo, además, de una elevada producción científica de calidad a través de más de dos mil publicaciones científicas y más de doscientas tesis doctorales defendidas en los últimos cinco años.
En julio de 2013 EIDEMAR fue incluida en el Registro de Universidades, Centros y Títulos (RUCT) del Ministerio de Educación, Cultura y Deporte (Código del Centro 11011342).