La Escuela Internacional de Doctorado en Estudios del Mar EIDEMAR tiene su inicio en mayo de 2012 con la firma en la ciudad de Algeciras de un Convenio Marco entre los socios de la agregación CEI·MAR en el que se decide la creación de una Escuela Doctoral especializada en estudios marinos y marítimos. Seis meses más tarde, el Consejo de Gobierno de la Universidad de Cádiz aprueba la memoria de creación y el Reglamento de Régimen Interno de la Escuela, siendo ratificados dichos documentos por el Consejo Social de la UCA. En diciembre de 2012 se aprueba la puesta en marcha de la escuela por parte del Consejo Andaluz de Universidades, y a ella se adhieren a través de un Convenio Específico las universidades de Almería, Cádiz, Huelva y Málaga, así como los dos centros universitarios extranjeros que dependen del Campus de Excelencia (Universidade do Algarve y Université Abdelmalek Essaâdi).
La formalización institucional de EIDEMAR se ultima en julio del año 2013, a través de la publicación en el Boletín Oficial de la Junta de Andalucía de su constitución, con la consecuente adscripción de este centro al RUCT (Registro de Universidades, Centros y Títulos) del Ministerio de Educación, Cultura y Deporte del Gobierno de España. En el mismo año se procede al nombramiento de los cargos directivos del centro, y se adscriben los primeros títulos al mismo, consistentes en varios Programas de Doctorado. Durante el Curso Académico 2013-2014 se inicia el proceso de matriculación ordinaria de los nuevos alumnos, así como el inicio de la preparación del primer curso académico, con una notable demanda por parte de la comunidad universitaria, lo que anima al incremento de las plazas inicialmente ofertadas. A lo largo de este primer año académico se realiza un esfuerzo institucional significativo para dar a conocer la Escuela Doctoral en los diversos foros académicos y universitarios, y a los distintos colectivos interesados (profesores, alumnos y restante parte de la comunidad universitaria), a través de reuniones diversas de coordinación. Las Jornadas Inaugurales de la EIDEMAR, con el título “El mar: un laboratorio inagotable para la formación doctoral” (2-3 abril 2014), constituyeron el punto de partida de académico de la primera cohorte de doctorandos, así como los primeros contratos predoctorales vinculados a la escuela (octubre de 2014).
A partir de entonces la normalidad académica se ha impuesto en la Escuela Doctoral, a través de la reunión periódica de sus órganos de gobierno, especialmente el Comité de Dirección de EIDEMAR y las Comisiones Académicas de cada uno de los títulos oficiales vinculados a la misma; asimismo, la Escuela cuenta con una programación anual de actividades formativas, entre las cuales destacamos la celebración de las jornadas “El proyecto Malaspina como cantera de investigadores en Ciencias Marinas” con participación de alumnos de la escuela (11-12 de diciembre de 2014) o las I Jornadas Doctorales de EIDEMAR (1 de diciembre de 2015). Cada anualidad permite la integración de más de 50 doctorandos de nuevo ingreso a la Escuela Doctoral, habiéndose procedido a la defensa de Tesis Doctorales desde finales del año 2015 en adelante, con una previsión actual de crecimiento de todos los indicadores.